要开启口袋妖怪火红的第三周目，玩家需先完成二周目内容并升级图鉴至386版。通关二周目后，前往大木博士的研究所进行图鉴升级，随后乘坐船只前往1号岛的火焰山。在火焰山右侧山洞击败两名火箭队成员，深入洞穴找到红宝石并将其带回博士处换取船票，该船票可解锁前往其他岛屿的权限，这是开启三周目的关键步骤。
获得船票后，玩家可前往4号岛，刚登陆便会遇到宿敌小茂，但此次不会触发战斗。岛上可饲养精灵，同时需探索右侧冰洞，利用冰面滑动机制和石块阻挡技巧前进，最终击败冰天王并获取密码。随后前往5号岛，在左上角冲浪区域与NPC对话获得波克比的蛋，并进入迷宫式山洞收集5件道具，完成后被传送至新区域。
6号岛需使用居合斩开启南侧大门，触发剧情后获取蓝宝石，将其交还博士可修复机器功能。7号岛南部的遗迹可捕捉安侬，而8号岛山洞深处岔路可遭遇传说宝可梦洛奇亚。9号岛需解谜红色三角形机关，震动后30级的迪奥西斯将出现。这些岛屿的探索是三周目的核心内容，玩家需逐一完成以解锁全部隐藏要素。
三周目整体流程虽与前期周目相似，但新增岛屿探索、神兽捕捉及道具收集等深度内容。建议玩家提前准备冲浪、攀瀑等关键技能，并合理搭配队伍属性以应对高难度战斗。完成全部岛屿任务后，可返回华蓝市左侧山洞捕捉超梦，最终达成三周目全收集目标。
