玩家将面对一系列具有挑战性的Boss，这些Boss按照游戏进程可分为肉山前和肉山后两个阶段。肉山前的主要Boss包括史莱姆王、克苏鲁之眼、蜂王、骷髅王和血肉墙。其中血肉墙作为分界点，击败后会进入困难模式，解锁更强大的Boss如机械三王（机械毁灭者、机械骷髅王、双子魔眼）、世纪之花和石巨人等。每个Boss都有独特的攻击方式和战斗机制，需要玩家针对性准备装备和战斗策略。
肉山前的Boss中，史莱姆王作为首个可挑战的Boss，主要通过分裂小史莱姆和跳跃攻击对玩家造成威胁。克苏鲁之眼拥有两阶段形态，第二阶段攻击速度显著提升。蜂王在丛林地形生成，会召唤蜜蜂仆从并发射毒刺。骷髅王守卫地牢入口，手臂被破坏前头部具有高额减伤。血肉墙作为肉山前最终Boss，会不断推进并释放多种攻击，需要玩家搭建长平台应对。
进入困难模式后，机械三王作为首批出现的强力Boss，各自具有鲜明特点。机械毁灭者是巨型机械蠕虫，由多个体节组成；机械骷髅王拥有多种武器攻击模式；双子魔眼则包含两个具有不同攻击方式的眼球。世纪之花作为丛林守护者，会发射毒气和尖刺，需要在开阔场地战斗。石巨人则在丛林神庙最深处召唤，具有可分离的拳头和头部攻击。
后期Boss如猪龙鱼公爵、光之女皇和月亮领主等，对玩家的装备水平和操作技巧要求更高。猪龙鱼公爵在水中和空中都有独特攻击模式，光之女皇在白天的神圣之地会进入暴怒状态，月亮领主作为游戏终极Boss拥有多种毁灭性技能。这些Boss的击败通常会掉落高级装备和材料，为玩家提供进一步强化的机会。
针对不同Boss的战斗，建议玩家根据职业特性选择合适的武器和饰品。近战职业需要注重防御和吸血效果，远程职业要注意走位和弹药补充，法师职业则需平衡输出与魔力管理。战斗前搭建合适的场地，准备充足的药水和增益效果，熟悉Boss的攻击模式是成功的关键。随着游戏进程推进，Boss的难度会逐步提升，但相应的奖励也会更加丰厚。
